Normale organismer bærer et dobbeltsæt kromosomer og to kopier af hvert gen (Diploide).
Når individer er resultatet af en parring mellem beslægtede individer, så vil de to kopier i en del af individets gener være kopier af den samme kopi fra den tidligere generation.
I og med at de to kopier er identiske, så vil individets genotype for dette gens vedkommende være homozygot. Modat heterozygot, hvor generne på hver sit allel er forskellig.
Hos et homozygot individ vil fx albino genet være visuelt, mens et heterozygot individ vil være bærer af genet.
Ordet indavl lever ikke op til sit dårlige ry. I mange tilfælde kan det faktisk være en fordel, da det kan styrke genetikken i en stamme.
Indavl optræder som følge af krydsning mellem nære slægtning. Fx pga. af små populationer, geologiske barriere i naturen eller begrænset antal individer i fangeskab.
Fx er mange af de Australske dyr vi holder i fangeskab kommet fra en meget lille håndfuld dyr, da det som bekendt ikke er lovligt at udføre nogen af Australiens dyr fra landet.
Så alle de skægagamer vi holder i dag, er altså stærkt indavlet gennem mange generationer.
Krydsning mellem individer fra forskellige populationer kaldes udavl.
Indavl er ikke arveligt som sådan. Det vil sige at afkom af et indavlet individ, som ikke er beslægtet med den anden forælder, ikke er indavlet.
Hos lavere stående organismer, som fx krybdyr og insekter, skal man meget lagt ud i generationerne, før der opstår komplikationer. Medmindre at et eller flere dårlige gener optræder i genpuljen.
Mange gnaver-linjer har samme fordel, mens det oftest ikke er tilfældet for dyr hvor man benytter stamtavle systemet, for at opretholde en falsk tryghed i form af kontrol med genetikken.
Det er ikke stamtavlen der er problemet, men det at man avler efter specifikke træk, uagtet de dårlige gener som måtte være forbundet med dette.
Hos mennesker gør det samme sig gældende, i form af manglen på naturlig selektion.
Vi overlever altså stort set alle sammen, uagtet hvor ringe vores arvemateriale end må være og for lov at parre os i generation efter generation. Derfor har vi en meget sårbar genpulje som mange gange resultere i alvorlige defekter allerede i første led.
Især i planteavl og forsøgdyrsopdræt, benytter man sig af indavl til at fiksere ønskede egenskaber eller gøre dyr mere ensartet genotypisk (homogene).
Ekstreme tilfælde kan fx være hunderacer og andre dyr med stamtavle. Her har man forsøgt at ”forædle” generne, ved at parre dyr med særlige egenskaber eller karakteristika. Disse egenskaber er ikke altid for dyrets bedste og kan være i følgeskab med alvorlige defekter.
I disse kredse ser man ned på indavl, mens linjeavl ses som en forædlingsprocedure, selvom at det er det samme.
Schæferhunde var oprindeligt en smuk rank race, som i dag ofte lider af spondylose pga. den fremavlede buet bagpart, hvorfor man bør stoppe avlen på disse dyr og holde sig til de linjer uden denne skavank.
En hunderace hvor man har avlet så meget efter bestemte karakteristika er Fransk Bulldog.
Det er ubegribeligt at man kan få lov til at avle på så defekte egenskaber.
Husky rotte med sekræt fra næsen.
Det samme er tilfældet ved mutationer, som er spontant opstået i et kuld. Her avler man så søskende sammen, for at skabe flere individer med samme træk.
Ekspempler på dette er kongepython mutationen Spider og rotte mutationen Husky som har en lang række genetiske fejl.
Albino konge boa og tiger python, er klassiske eksempler på at kraftig indavl på disse træk, medføre manglende øjne. Heldigvis er det muligt over få generationer, at udavle albino genet. Men det ses den dag i dag, at der ikke skal mange genarationer til at søskende indavl, før at disse albino boaer og pythoner igen mangler øjnene helt eller delvist.
Opstår en spontan mutation i et kuld, kan man parre en unge tilbage på en forældre, for at skabe flere individer med de ønskede træk. Opstår komplikationer fjernes de problematiske dyr fra avlen, og man påbegynder udavl for at senere at genoptage indavlen med forhåbentlig sundere dyr.
Nyfødt Konge boa albino (sunglow) med ganespalte ligende tilstand.
Formodentlig ikke pga. indavl, men at moderes blev behandlet for
blodmider i drægtighedsperioden.
Det er meget svært at holde rene linjer ved lige, da den genetiske variation er sparsom. Medmindre man har rigeligt med individer til rådighed.
Kun ved at avle unger tilbage på en forældre, vil man kunne opdage om der er uønskede gener i linjen.
På den måde kan man sikre langt sundere og stærkere dyr i sin bestand.
Ekstreme former for krydsning for at frembringe rene linjer eller fremavle bestemte træk, er søskende tilbagevendende krydses med hinanden, også kaldet krydsningsmønstre. Her bliver afkom tilbagevendende krydset med et særligt interessant individ.
Opstår defekter behøver det ikke nødvendigvis at skyldes indavl. Det kan også skyldes organismens dårlige arvemateriale. Oplever man dette i et kuld, tages den eller de forældre ud af avlen, hvorfra defektes mistænkes at stamme fra.